InnoDB 支持事务， MyISAM不支持事务。

InnoDB 支持行级锁，MyISAM 支持表锁。

InnoDB 支持外键， MyISAM 不支持外键。

InnoDB  不支持全文索引，MyISAM 支持全文索引。

InnoDB支持MVCC, 而MyISAM不支持。

InnoDB表支持多种行格式， MyISAM不支持。
InnoDB是索引组织表， MyISAM是堆表。